La difficulté que vous soulevez tient à l'emploi du verbe "voir" dans une construction pronominale ("se voir") suivie d'un participe, comme dans l'extrait cité : "la philosophie s'est vue baptisée à la fin du Phèdre". De toute évidence, le sujet (la philosophie) n'étant pas animé, la construction est de sens passif, puisque, par définition, la philosophie ne voit rien et a fortiori, elle ne se voit pas elle-même; de plus elle ne baptise pas, mais elle peut être baptisée - c'est-à-dire "nommée" philosophie. Elle équivaut à "elle a été baptisée à la fin du Phèdre". La construction passive "a été" est plus claire, immédiatement compréhensible, conforme à l'usage: en un mot, bien meilleure et préférable dans tous les cas à la "périphrase" "elle s'est vue + participe passé", qui n'apporte rien à la construction à laquelle elle se substitue à tort.
Alors que l'accord est conforme aux règles, pour ce qui est de l'expression, du style, de la maîtrise de la langue, la phrase est nulle - sans parler de la métaphore de baptiser pour nommer. Celui (ou celle) qui l'a écrite écrit comme un pied. C'est du style journalistique ou d'économiste ou de rapport de fonctionnaire.
Cette construction de sens passif doit être distinguée d'une autre construction, qui n'est pas meilleure, avec un sujet humain (lequel peut voir et se voir lui-même faire quelque chose) + "se voir" + verbe à l'infinitif, du type "le prêtre s'est vu baptiser une vingtaine de fidèles" ou "elle s'est vue remettre la légion d'honneur" (à une dizaine d'impétrants ou par le préfet), dans laquelle le verbe qui suit "se voit" ou "s'est vu(e)" est un infinitif : le prêtre est baptisé certes, mais dans l'exemple, il baptise. Quant au verbe remettre de l'exemple, il ne peut pas y avoir de confusion. C'est le procès du verbe que désigne "remettre".